velvet


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Lenguaje: C

Localización: /opt/mira

Web: http://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet/

El programa se ha compilado con las opciones

MAXKMERLENGTH=127
CATEGORIES=3
OPENMP=1

Para activar el OpenMP, se debe indicar el número de procesos disponibles (depende de la cola o arquitectura del nodo qu eejecute el programa) con la variable OMP_NUM_THREADS:

export OMP_NUM_THREADS=8

Se encuentra también instalado el script VelvetOptimiser, versión 2.2.0 en el directorio /opt/velvet/optimiser/2.2.0. Su uso requiere la presencia tanto el programa Velvet como del paquete BioPerl, por lo que ambos módulos deben estar cargados.

Última actualización: 5 mayo 2012