La última versión del paquete Gaussian para cálculos químico-cuánticos,
Gaussian09 (rev. B01), se encuentra igualmente disponible en el clúster de
Modelización.
Los usuarios interesados en ejecutar trabajos con Gaussian deben
contactar previamente con el técnico del sistema para darles de alta en el grupo
de usuarios gaussian.
Localización: /opt/g09/intel-10
La unidad del clúster de modelización de los SCTs han gestionado la adquisición de la licencia institucional del código fuente de Gaussian09 para todo tipo de máquinas UNIX o LINUX. La licencia permite que cualquier investigador de la Universidad de Oviedo haga uso del código fuente en sus servidores instalados en la misma Universidad. Por lo tanto, aquellos usuarios u otros investigadores de la Universidad de Oviedo que estén interesados en instalar y compilar la versión UNIX-Linux de Gaussian09 pueden contactar con la unidad para acceder al código fuente y a información complementaria sobre su instalación y compilación.
El clúster tiene instalada una versión compilada con los compiladores Intel (versión 10.1) y las librerías matemáticas MKL (10.2.2.025) que se ha comprobado que es estable y relativamente eficiente. Al igual que la versión anterior Gaussian03, el programa Gaussian09 sólo hace uso del paralelismo en memoria compartida (OpenMP), de modo que no puede utilizarse en las colas de cálculo paralelo MPI (por ejemplo, cola32).
Para ejecutar un trabajo de Gaussian09 en el sistema de colas es necesario enviar un
script del siguiente tipo:
#!/bin/bash # NOTA: El fichero de input, que es el argumento # de g09, debe escribirse indicando su extension g09 input_file.com
NOTA: No es necesario ajustar los valores de %nproc, %mem y %maxdisk en los ficheros de input, ya que se seleccionan por defecto según la cola de ejecución. En caso de especificarlos, los valores de estos parámetros deben estar de acuerdo con los valores límite de las colas de cálculo.
Los ficheros .chk generados por la versión anterior
del programa, Gaussian03, no pueden ser leídos directamente por
Gaussian09, antes deben transformarse con el programa auxiliar
chkchk accesible en /opt/g09/intel-10.
NOTA: También se encuentra instalada la versión anterior del programa Gaussian 03.